Ab 1919 besuchte Ernst Plischke die Kunstgewerbeschule in Wien.

Zuerst besuchte Ernst Plischke die Vorbereitungsschule in der Fichtegasse in Wien, wo er unter anderen von Rudolf Larisch und Franz Čizek unterrichtet wurde. Durch die Zusammenarbeit seines Vaters mit der Kunsttischlerei M. Niedermoser & Sohn hatte er die Gelegenheit, dort ein Praktikum zu absolvieren.

Schließlich wurde er 1921 als Student in der Klasse von Oskar Strnad aufgenommen. Dort herrschte eine eher historisierende Atmosphäre städtischer Lebensform, anstatt der von Plischke erhofften Schlichtheit und Wärme seines Vorbildes Heinrich Tessenow. Das Zusammenprallen dieser beiden Welten ist in den Arbeiten des jungen Ernst Plischke erkennbar.

Im Jahr 1923 wurde Plischke dann an der Akademie der bildenden Künste am Schillerplatz in die Meisterklasse von Peter Behrens aufgenommen. Die freie Atmosphäre und kosmopolitische Lockerheit in dieser Klasse stand ihm wesentlich näher als jene des „heimatlichen Kunstgewerbes“ in der Strnad Klasse. Mit dem im Jahr 1923 erschienenen Buch Vers une architecture von Le Corbusier war die Zeit der neuen Architektur angebrochen. Sein Studium finanzierte Plischke sich als Werkstudent und fertigte unter anderem Zeichnungen für Karl Ehn an, der den „Karl Marx-Hof“ entwarf.

Im Jahr 1925 zog Plischke in ein Atelier, das sich direkt neben dem Atelier seiner Schwester Grete und dem des Malers Max Frey – seinem langjährigen Jugendfreund und Mann von Grete – befand. Mit beiden verband ihn im Laufe der Jahre eine künstlerische Zusammenarbeit.

Mit einem Diplomentwurf für ein Krematorium in Linz schloss Plischke 1926 sein Studium ab, für das er den Meisterschulpreis gewann. Er begann in Peter Behrens‘ Büro mitzuarbeiten. Nach einem Jahr im Büro Frank & Wlach gründete Plischke 1928 sein eigenes Architekturbüro. Mit der Inneneinrichtung der Wohnung von Lucie und Hans Rie setzte er seinen ersten eigenständigen Auftrag um.