Ernst und Anna Plischke trafen im Juli 1963 wieder in Österreich ein. Er wurde zum ordentlichen Hochschulprofessor für Architektur an die Akademie der bildenden Künste berufen und zwei Jahre später zu deren Rektor ernannt. Die Rückkehr war für Plischke nicht leicht. Er empfand nach wie vor die Nachwirkungen des NS-Regimes auf persönlicher Ebene, sowie in Bezug auf seine Stellung als Architekt. So erhielt er beispielsweise keine ihm zuvor versprochenen und vertraglich zugesicherten öffentlichen Bauaufträge. Er baute lediglich zwei Einfamilienhäuser für private Auftraggeber.

Seine Ausrichtung verlagerte sich vom planenden und bauenden Architekten zum lehrenden Hochschulprofessor. Er nahm seinen Lehrauftrag sehr ernst und versuchte, den Studierenden seine grundsätzlichen Vorstellung von Architektur zu vermitteln. Es war ihm dabei wichtig, sie in ihrer Selbständigkeit und freien Entfaltung zu unterstützen. Der Wandel in seiner Karriere war für Plischke einerseits schmerzlich, andererseits erfüllten ihn die Erfolge, die er an der Entwicklung seiner Studierenden ablesen konnte, mit Befriedigung.